パリ、モンテカルロ等でダンサーとして活躍した井上博文が、1967年に帰国。『羽衣』で帰国後初の舞台を踏み、昭和42年度文部省芸術祭奨励賞を受賞。1968年、「井上博文によるバレエ小劇場」のタイトルのもと、公演プロデュースを開始し、その後井上博文バレエ団を結成した。

国内外を問わず、優れたダンサー、振付家、美術家等を積極的に招聘する他、衣裳スタジオを併設（現株式会社柊舎）するなどし、舞踊と美術・衣裳等の総合的な芸術性に留意した舞台制作に早くから取り組んできた。主要なクラシックバレエ作品の他、ネオ・クラシック・バレエ、日本舞踊、スペイン舞踊などを取り入れた個性的な創作活動を続けてきた。1983年、財団法人井上バレエ団に改組。1987年、第51回公演より名称を改め、「井上バレエ団公演」として公演活動を続ける。2011年、公益財団法人の認可を受ける。

1988年2月、井上博文急逝。以後も盛んな公演活動を続け、古典全幕作品の改訂・新制作も行った。世界的に著名な美術家ピーター・ファーマーによる舞台美術および衣裳、満平舎による照明デザイン、そして海外からゲストダンサー、指導者を招いての公演は、井上バレエ団の特徴となっている。

2012年3月から始めた「アネックスシアター、次世代への架け橋」公演では、バレエ団のレパートリーにある優れた小作品の復活上演、現代の若い作家に依頼した作品の上演等に努めている。

また、デンマーク王立バレエ団との長年にわたる協力関係により、ブルノンヴィルスタイルの継承および日本での普及に努め、ブルノンヴィル作品の上演、サマーセミナーの開催をしている。

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